Obiectivul programului de masterat profesional constă în sporirea contribuției instituției la atingerea unui nivel înalt de profesionalizare și cercetare:
- formarea de preoți protestanți, lideri pentru bisericile protestante la un nivel de pregătire pe măsura cerințelor ecleziale și a standardelor internaționale;
- formarea de specialiști în domeniul teologiei biblice, sistematice, practice și a istoriei bisericii;
- promovarea unei cercetări științifice de profil competitivă pe plan național și internațional;
- realizarea unui transfer de cunoștințe de specialitate permanente atât spre comunitățile academice cât și spre societatea creștină;
- facilitarea dobândirii unei viziuni globale, capabil de sintetizare și analiză detaliată în domeniul teologiei creștine și a unei spiritualități bazate pe pluralism, diversitate culturală și înțelegere reciprocă.