Formele interacțiunii cercetării științifice în sistemul național și internațional sunt diverse:
- programe universitare proprii;
- granturi colective și individuale de la organisme naționale și internaționale specializate;
- cercetări comune în baze cu utilizatori multipli sau în programe finanțate de diverse instituții sau organisme naționale sau internaționale, inclusiv Bisericile fondatoare ale Institutului;
- cooperări interuniversitare, interregionale, interconfesionale, internaționale pe probleme specifice sau cu profil multidisciplinar;
- diverse contracte cu foruri de specialitate din țară și din străinătate.