Conform art. 22, art. 24, alin. 2 și 3, precum și art. 97, alin. 3 din Legea nr. 199/2023 activitatea didactică în ITP se desfășoară cu respectarea caracteristicului celor trei biserici, de care aparțin cadrele didactice și studenții Institutului, și anume într-o singură Facultate de Teologie, cu următoarele trei linii de studiu confesionale, ale căror discipline specifice sunt incluse în planurile de învățământ de licență și masterat, asigurând în mod concomitent atât coeziunea activității educaționale, cât și menținerea particularităților fiecărui cult:
- linia de studiu reformată;
- linia de studiu evanghelică-lutherană;
- linia de studiu unitariană.