Coordonarea activității de cercetare cade în sarcina Consiliului Cercetării Științifice și a Centrelor de Cercetare ITP, care beneficiază de sprijinul următoarelor biblioteci:
- Biblioteca proprie a Institutului Teologic Protestant;
- Biblioteca Documentară „Bethlen Gábor” din Aiud;
- Arhiva Eparhiei Reformate din Ardeal;
- Biblioteca și Arhiva Bisericii Unitariene din Ardeal;
- Arhiva Bisericii Evanghelice-Lutherane din România.