În cadrul ITP, pe lângă activitatea didactică și de cercetare, sub îndrumarea Bisericilor fondatoare și a responsabililor spirituali desemnați se cultivă idealul formării spirituale, după cum urmează:
- fiecare zi de muncă începe cu slujba de dimineață, ținută de studenți, conform ordinii stabilite;
- în fiecare duminică, în cursul anului universitar, membrii Institutului participă la serviciul divin;
- cadrele didactice țin săptămânal ore pentru studiul Bibliei, destinate studenților;
- cadrele didactice și studenții Institutului organizează ședințe festive și agapeuri;
- în săptămânile de vacanță studenții participă la slujbele religioase și în viața Parohiei de care aparțin, participând și la oficierea serviciilor divine;
- activitatea de formare spirituală este sprijinită de cercul literar, de diferitele activități diaconice și de practică pastorală în parohii ale studenților.