Principalele obiective ale Centrului sunt:
- desfășurarea unei activități de cercetare științifică performantă în domeniul teologic;
- sprijinirea instituțională a formării elitei performante din rândul tinerei generații de studenți, masteranzi și doctoranzi, precum și formarea tinerelor cadre pentru cercetare;
- dezvoltarea unei baze de cercetare;
- stimularea și susținerea propunerilor de proiecte și granturi la nivel național și internațional;
- identificarea și activarea surselor de finanțare necesare proiectelor de cercetare științifică;
- dezvoltarea unui mediu atractiv pentru studenții, masteranzii și doctoranzii interesați de activitățile de cercetare ale Centrului și stimularea cercetării în procesul de realizare a proiectelor de licență și de disertație;
- oferirea de consultații științifice studenților, masteranzilor și doctoranzilor interesați de activitatea de cercetare științifică și atragerea acestora în granturi precum și programele de cercetare;
- sprijinirea societății bisericești, a comunităților, fundațiilor ecleziastice din România prin acorduri de asistență / consultanță / expertizare de specialitate la cerere;
- stimularea parteneriatului cu organizații bisericești și asociații profesionale interesate de domeniul de activitate al Centrului;
- dezvoltarea de relații concretizate și prin acorduri contractuale cu structuri similare din țară și din străinătate;
- publicarea de articole științifice, cărți și manuale universitare, ca rezultat al activităților Centrului;
- organizarea de manifestări științifice pentru a face cunoscute realizările Centrului în activitatea de cercetare științifică.