În cadrul Centrului funcționează următoarele grupuri sau colective de cercetare:
- Grupul de cercetare pentru studii biblice (cercetare fundamentală și aplicată în domeniul teologiei și exegezei Vechiului și Noului Testament);
- Grupul de cercetare pentru teologie sistematică (domeniul dogmaticii, eticii și apologeticii);
- Grupul de cercetare pentru istoria și patrimoniul bisericilor protestante.